توتون صنعت ـ در قسمت اول گزارش  اشاره شد که  شرکت دخانیات در گروه دو شرکت‌های مشمول واگذاری طبقه بندی شده بود و تمامی سهام آن قابل واگذاری نبود ولی در جریان واگذاری و خصوصی سازی به این مهم توجه نشد و صد در صد سهام شرکت واگذار شد.در ادامه به چگونگی انتزاع وظایف حاکمیتی از شرکت دخانیات ایران و الحاق آنها به وزارت صنعت، معدن و تجارت می‌پردازیم. با این رویکرد که با بررسی رویدادهای حادث شده علاوه بر فهم علل و دلایل شرایط و موقعیت فعلی شرکت، خصوصی سازی بنگاه‌های دولتی را هم از طریق یک مطالعه موردی «case study» 
آسیب‌شناسی کنیم. 
از سال 1390 مدیرعامل وقت شرکت دخانیات ایران به اعتبار این که آن شرکت در فهرست واگذاری شرکت‌های دولتی قرار دارد به دنبال تسهیل شرایط و تسریع در واگذاری بود. یکی از الزامات و مقدمات واگذاری شرکت‌های دولتی طبق بند الف ماده 13 قانون اجرای سیاست‌های کلی اصل 44 قانون اساسی، تفکیک وظایف حاکمیتی آنها از وظایف تصدی گرایانه بود. شرکت دخانیات ایران قریب به هشتاد سال اداره امور مربوط به حاکمیت و تصدی در صنعت دخانیات کشور را توأمان عهده‌دار بود. بنابراین لازمه خصوصی‌سازی شرکت احصاء این وظایف حاکمیتی، انتزاع آنها از شرکت دخانیات ایران و الحاق آن به یک یا چند دستگاه اجرایی یا سازمان ذیربط بود. در این راستا بود که مدیریت وقت شرکت دخانیات ایران تعدادی وظیفه را به عنوان حاکمیتی شناسایی و به هیأت دولت پیشنهاد داد و منجر به مصوبه مورخ 27/04/1391 هیأت وزیران شد که طی آن مقرر شده است: 
الف) به منظور ایجاد شرایط لازم برای واگذاری شرکت دخانیات ایران، وظایف و اختیارات زیر به عنوان وظایف و اختیارات حاکمیتی از شرکت یادشده منتزع و به همراه امکانات، اختیارات، پست‌های سازمانی و نیروهای انسانی مرتبط با آن به وزارت صنعت، معدن و تجارت انتقال می‌یابد. 
1. صدور مجوز عاملیت‌های صنعتی و بازرگانی 
2. تعیین مناطق کشت توتون و تنباکو با توافق وزارت جهاد کشاورزی
3. ساماندهی و نظارت بر خرید کلیه محصولات استحصالی کشتکاران توتون و تنباکو 
4. تعقیب و پیگیری پرونده‌های قاچاق کالای دخانی به عنوان سازمان شاکی و مأمور وصول عایدات دولت و کلیه امور مرتبط با مبارزه با قاچاق کالای دخانی
5. وصول و ایصال عوارض و حقوق دولتی مربوط به محصولات دخانی و کبریت 
ب ) وزارت امور اقتصادی و دارایی (سازمان خصوصی سازی) موظف است با هماهنگی وزارت صنعت، معدن و تجارت در واگذاری شرکت یادشده به گونه‌ای عمل نماید که مانع از انحصار در فعالیت‌ها و عاملیت‌های صنعتی و بازرگانی 
دخانیات گردد. 
با این مصوبه کلیه وظایف حاکمیتی صنعت دخانیات کشور به وزارت صنعت، معدن و تجارت محول می‌شد. بدون اینکه توجه شود اساسا آیا این کارکردها با امکانات و ظرفیت‌ها و مأموریت‌های آن وزارتخانه سازگار است یا نه؟ چون بخش کشاورزی این صنعت همچون کشت توتون و تنباکو می‌بایست به وزارت جهاد کشاورزی محول می‌شد، مبارزه با قاچاق محصولات دخانیات به ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز و وصول حقوق و عوارض دولتی به وزارت امور اقتصادی و دارایی. 
اما به شرح پیش گفته شده، هدف آماده سازی سریع شرایط برای واگذاری شرکت به بخش خصوصی بود و شاید  تصور این که حتی بعد از این تفکیک این امور هم توسط همان مدیرعامل شرکت دخانیات ایران و یکجا مدیریت خواهد شد انگیزه تجمیع این امور ناهمگن در وزارت صمت بوده است و اتفاقا همین هم شد و مدیرعامل شرکت دخانیات ایران مدتی همزمان ریاست مرکز برنامه ریزی و نظارت  بر دخانیات کشور را هم عهده دار بود. شاید بتوان گفت این شیوه تفکیک وظایف حاکمیتی سنگ بنای مشکلات بعدی این صنعت شد و آنچه که باید در فضای محیطی و کسب و کار صنعت دخانیات کشور اتفاق می‌افتاد به شکل مبارزه جدی با قاچاق، حمایت از کشاورزان، وصول حقوق دولتی و ... تا محیط کسب و کار صنایع دخانی ایمن باشد اتفاق نیفتاد و اتفاقا آسیب پذیری صنعت به دلیل تمرکز کلیه امور آن در یک دستگاه خاص بیشتر شد. 
مرکز حاکمیتی که مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات نام گرفت سالها در ساختار وزارت صمت فاقد تشکیلات مصوب و بودجه بود و با منابع مالی شرکت دخانیات ایران اداره می‌شد. در اواخر سال 1391 مدیرعامل وقت  شرکت دخانیات ایران برکنار شد اما همچنان ریاست مرکز برنامه ریزی و نظارت بردخانیات را عهده دار بود و متأسفانه رویکرد مرکز بجای شناسایی و رفع خلأهای موجود در محیط کسب و کار صنعت دخانیات که اینک بعد از هشت دهه فعالیت انحصاری در فضای رقابتی قرار گرفته بود، سمت و سوی تقابلی بالاخص با شرکت دخانیات ایران به خود گرفت و این روند با تغییرات مدیریتی آن نیز حتی تا قبل از دوره مدیریت عطااله معروفخانی بر مرکز ادامه یافت و این شد که لیست بلندبالایی از اموال و دارایی‌های شرکت دخانیات ایران را با اطلاعاتی که داشتند تهیه کردند و نامه‌ای به شماره 106655/60 مورخ 02/05/1392 به امضاء وزیر وقت صمت عنوان وزیر امور اقتصادی و دارایی رساندند که طی آن پیشنهاد شد بخش زیادی از اموال و دارایی‌ها از شرکت دخانیات ایران منفک و به مرکز حاکمیتی واگذار شود. از جمله بسیاری از انبارها و ساختمان‌ها در مناطق مختلف کشور، مراکز تحقیق و تولید بذر توتون، ساختمان مرکزی شرکت دخانیات ایران در خیابان وزرا، لوازم و تجهیزات آزمایشگاهی و حتی مالکیت برندهای شرکت.
یکی از چالش‌های اصلی هیأت مدیره شرکت دخانیات در سال 1392 جلوگیری از انتزاع این اموال و دارایی‌ها و حفظ تمامیت شرکت دخانیات ایران بود. 
البته در واقعیت امر وزیر وقت از اهداف و نیات نهایی تهیه کنندگان چنین پیش نویس مکاتباتی اطلاع نداشت. حتی ایشان با مفاد مصوبه هیأت وزیران درخصوص تجمیع کلیه وظایف حاکمیتی صنعت دخانیات در وزارت صمت مخالف بود و مکاتباتی را برای اصلاح تصویب نامه مورخ 27/04/1391 هیأت وزیران که اساس تشکیل مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات بود انجام داد از آن جمله است نامه شماره 231232/60 مورخ 12/09/1391 ایشان با عنوان معاون اول وقت رئیس جمهور که طی آن مهدی غضنفری وزیر وقت وزارت صنعت، معدن و تجارت با ارسال پیش نویس مصوبه هیأت وزیران درخواست کرده بود امور مربوط به تعیین مناطق کشت و ساماندهی و نظارت بر خرید محصولات استحصالی کشتکاران توتون و تنباکو به وزارت جهاد کشاورزی و برنامه ریزی و نظارت و سایر امور مرتبط با مبارزه با قاچاق کالای دخانی به ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز و وصول و ایصال عوارض و حقوق دولتی مربوط به محصولات دخانی به وزارت امور اقتصادی و دارایی انتقال یابد. 

امتناع صادق خلیلیان وزیر وقت جهاد کشاورزی از قبول مسئولیت کشاورزی توتون و تنباکو
صادق خلیلیان وزیر وقت جهاد کشاورزی در پاسخ به پیشنهاد وزیر صمت طی نامه شماره 31934/020 مورخ 12/10/1391 با ادعای اینکه شرکت دخانیات ایران یک شرکت یکپارچه است به منظور تسریع و تسهیل چرخه تولید- مصرف ضروری است شرکت مذکور تحت مدیریت یک دستگاه انجام وظیفه نماید با اصلاح تصویب نامه شماره 80681/ت46360 هـ مورخ 27/04/1391 هیأت وزیران مخالفت کرد. 

رئیس مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات سیگارهای تولیدی شرکت دخانیات را بی‌کیفیت قلمداد می‌کند
یکی از روسای مرکز برنامه‌ریزی و نظارت بر دخانیات در سال 1392 سیگارهای تولیدی شرکت دخانیات را بی‌کیفیت اعلام می‌کند که انتقاد شدید نمایندگان مجلس شورای اسلامی را به دنبال داشت. 
آقای قاضی پور نماینده وقت مردم ارومیه در مجلس شورای اسلامی در پاسخ به اظهارات رئیس مرکز گفت بنده به عنوان خادم ملت از وزیر صنعت جناب آقای نعمت زاده و رئیس سازمان استاندارد و وزیر بهداشت می‌خواهم جلو اظهارات غیرمسئولانه و غیرکارشناسی رئیس مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات که در راستای اهداف اسرائیل و آمریکا گام بر می‌دارد را بگیرند تا موجب نابودی تولید داخل و به تبع آن افزایش قاچاق نشود. 
نعمت‌زاده، وزیر وقت صنعت، معدن و تجارت از وزیر امور اقتصادی و دارایی درخواست کرد برندهای شرکت دخانیات ایران به رایگان به دیگران واگذار شود 
محمدرضا نعمت‌زاده وزیر وقت وزارت صمت طی نامه شماره 121942/60 مورخ 03/06/1393 از وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌خواهد برندها (نشان‌های تجاری) شرکت دخانیات ایران را رایگان واگذار نماید. 
در این نامه آمده است: 
«ب- برندهای ثبت شده به نام شرکت دخانیات ایران که 2 سال قبل از خصوصی سازی تولید آنها متوقف شده است در اختیار این وزارتخانه (مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات کشور) قرار گیرد تا به سرمایه گذاران جدید بدون دریافت وجهی واگذار شود و با احیاء برندهای ایرانی توسط آنها و تولید مناسب بتوانند بخشی از سهم بازارهای داخلی و خارجی را به خود 
اختصاص دهند.» 
در حالی نعمت زاده پیشنهاد واگذاری رایگان برندهای شرکت دخانیات ایران را داده بود که امروزه ارزش برندهای سیگار دخانیات ایران دو هزار میلیارد تومان برآورد می‌شود. 

تلاش  برای تملک ساختمان مرکزی شرکت دخانیات ایران 
مدیرعامل شرکت دخانیات ایران بعد از اینکه از سمت خود برکنار شد همچنان ریاست مرکز برنامه‌ریزی و نظارت بر دخانیات کشور را بر عهده داشت و به همین دلیل ساختمان مرکزی شرکت دخانیات ایران در خیابان وزرا را در  اختیار گرفت و بعد از آن هم روسای بعدی مرکز سعی کردند باقیمانده کارکنان شرکت دخانیات را از ساختمان مذکور تخلیه و  تمامی ساختمان را در اختیار خود بگیرند که با مقاومت کارکنان شرکت و تمهیدات هیأت مدیره وقت، بالاخره در محل دیگری توسط شرکت دخانیات ایران فضای اداری برای مرکز برنامه ریزی و نظارت بر دخانیات فراهم شد و ساختمان خیابان وزرا در ید اختیار شرکت دخانیات ایران قرار گرفت.