هر چند کلیات لایحه بودجه سال 14000 در صحن علنی مجلس شورای اسلامی رد شد اما حکایت مالیات دخانیات همچنان باقی است.  در احکام الحاقی کمیسیون تلفیق بودجه مجلس شورای اسلامی آمده است: 
الف) در اجرای ماده (73) قانون برنامه ششم توسعه، از ابتدای سال 1400 به قیمت خرده فروشی هر نخ سیگار تولید داخل با نشان ایرانی مبلغ پانصد (500) ریال، تولید داخل با نشان بین المللی (برند) مبلغ (1000) ریال، هر نخ سیگار وارداتی مبلغ هزار و پانصد (1500) ریال و هر بسته پنجاه گرمی تنباکوی قلیان یکصد هزار (000/100) ریال به عنوان مالیات اضافه می‌گردد. 
ب) شرکت دخانیات ایران می‌تواند مبلغ دو هزار و پانصد میلیارد (000/000/000/500/2) ریال از محل پرداختی مالیات بر فروش کالاهای دخانی و مالیات بر مصرف سیگارت خود را جهت خرید تضمینی محصولات کشاورزی توتون و تنباکو نهاده‌‌های کشاورزی انجام دهد. 
در حکم اصلاحی آمده است: وزارت صنعت، معدن و تجارت موظف است درآمدهای حاصل از صدور مجوز توزیع دخانیات و حق انحصار دریافتی بابت واردات و تولید محصولات دخانی طی سال 1400 را به حساب درآمد عمومی نزد خزانه داری کل کشور موضوع ردیف 130421 جدول شماره (5) این قانون واریز کند. 
به دولت اجازه داده می‌شود شرکت دخانیات ایران را به میزان الزام به خرید تضمینی محصولات توتون و تنباکو و نهاده‌‌های کشاورزی از پرداخت مالیات بر فروش کالاهای دخانی و مالیات بر مصرف سیگار معاف نماید. 
توضیحاً مالیات پیشنهادی دولت در لایحه بودجه سال 1400 طی ردیف‌‌های 110515، 130421، 110506 و 160109 مجموعاً 5600 میلیارد تومان بود. لازم به ذکر است ساز و کار وصول مالیات بر مصرف از مصرف کننده نهایی هنوز به طور کامل فراهم نیست. به همین جهت وصول اضافات فوق قطعیت لازم را ندارد. 
تکلیف مالیات و عوارض محصولات دخانی در ماده 73 قانون برنامه ششم روشن است، بررسی مشروح مباحث ومذاکرات مجلس شورای اسلامی در جریان تصویب این ماده قانونی موید این امر است. این ماده قانونی که بدوا در ماده 88 لایحه برنامه ششم آمده بود و بعدا به ماده 73 قانون تغییر یافت پس از مذاکرات طولانی از صحن علنی مجلس شورای اسلامی به کمیسیون تلفیق برنامه ششم اعاده و پس از اصلاحات لازم مجدداً در صحن مطرح و تصویب گردید، متعاقباً شورای نگهبان ایراداتی بر آن وارد کرد که منجر به اصلاح بند ت ذیل ماده 73 قانون شد. ماده 73 قانون برنامه ششم عیناً به شرح ذیل است: 
الف- از ابتدای اجرای قانون برنامه تولید و واردات انواع سیگار و محصولات دخانی علاوه بر مالیات و عوارض موضوع قانون مالیات‌های مستقیم مصوب 3/12/1366 و قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/2/1387، مشمول مالیات به شرح زیر است:
1- مالیات هر پاکت انواع سیگار تولید داخلی به میزان ده درصد (10%) قیمت درب کارخانه و تولید مشترک بیست درصد(20%) تولید داخل با نشان بین‌المللی (برند) بیست و پنج درصد(25%) قیمت درب کارخانه و وارداتی به میزان چهل درصد (40%) قیمت کالا، بیمه و کرایه تا بندر مقصد (سیف Cif) تعیین می‌گردد.
2- مالیات انواع توتون پیپ و تنباکوی آماده مصرف تولید داخلی به میزان ده درصد (10%) قیمت درب کارخانه و وارداتی به میزان چهل درصد (40%) قیمت کالا، بیمه و کرایه تا بندر مقصد (سیف Cif) تعیین می‌گردد.
جزء‌های (1) و (2) بند (الف) ماده (73) در طول اجرای قانون برنامه در بخش‌های مغایرت بر ماده (52) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/2/1387 حاکم هستند.
ب- وزارت صنعت، معدن و تجارت از ابتدای سال 1396 موظف است:
1- قیمت خرده‌فروشی انواع سیگار و محصولات دخانی مأخذ محاسبه مالیات موضوع این ماده را به مراجع ذی‌ربط و برای درج بر روی پاکت محصول اعلام نماید.
2- امکان دسترسی برخط سازمان امور مالیاتی کشور به سامانه(سیستم) اطلاعاتی واردات، تولید و توزیع سیگار و انواع محصولات دخانی را فراهم نماید.
حکم بند(ب) ماده (73) این قانون در موارد مغایرت بر سایر مواد حاکم است.
پ- مالیات موضوع این ماده تابع کلیه احکام مقرر در قانون مالیات بر ارزش افزوده به استثناء نرخ مضاعف مالیات این ماده خواهد بود. سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است مالیات موضوع این ماده را وصول و آن را به ردیف درآمدی نزد خزانه‌داری کل کشور واریز نماید.
ت- با لازم‌الاجراء شدن این قانون، علاوه بر عوارض موضوع بند(الف) این ماده، مالیات عملکرد، مالیات بر ارزش افزوده، حقوق ورودی، حق انحصار و بند(ب) ماده(69) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت(2) نیز به محصولات دخانی اعمال می‌گردد.
تبصره- صددرصد (100%) درآمدهای حاصل از اجرای بند (الف) این ماده طی ردیف‌هایی که در بودجه‌های سنواتی مشخص می‌شود در جهت کاهش مصرف دخانیات، پیشگیری و درمان بیماری‌های ناشی از آن، بازتوانی و درمان عوارض حاصله از مصرف آن و توسعه ورزش موضوع بند (ب) ماده (69) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) مصوب 4/12/1393 در اختیار وزارتخانه‌های ورزش و جوانان، آموزش و پرورش و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار می‌گیرد.
احکام مواد (70)، (72) و (73) این قانون بر احکام قانون ساختار جامع رفاه و تأمین اجتماعی مصوب 21/2/1383 حاکم است.
ماده 69 قانون الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت که در بند ت ذیل ماده 73 قانون برنامه ششم به آن اشاره شده است به شرح زیر است:
به دولت اجازه داده می‌شود:
الف- نسبت به وضع و اخذ عوارض از نوشیدنی‌‌های قندی تولید داخل، تولید مشترک داخلی، خارجی و نوشیدنی‌‌های وارداتی اقدام نماید. منابع حاصله به حساب درآمد عمومی نزد خزانه داری کل کشور واریز و طی ردیفی که در قانون بودجه مشخص می‌شود به پیشنهاد سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و تصویب هیأت وزیران به منظور پیشگیری، آموزش، تغییر سبک زندگی و غربالگری بیماران دیابتی و بیماران قلبی و عروقی، کمک به تشکل‌‌های غیردولتی ذی ربط، پیشگیری از بیماری‌‌های مشترک انسان و دام، توسعه، تکمیل و تجهیز اماکن ورزشی با اولویت مناطق کمتر توسعه یافته و روستاها هزینه شود. 
ب- به منظور ارتقای سلامت جامعه و کاهش مصرف دخانیات نسبت به وضع و اخذ عوارض از خرده فروشی سیگار اقدام کند. درآمد حاصله به حساب درآمد عمومی نزد خزانه داری کل کشور واریز و طی ردیفی که در بودجه‌‌های سنواتی مشخص می‌شود به پیشنهاد سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و تصویب دولت به منظور کاهش مصرف دخانیات و آموزش، پیشگیری و درمان بیماری‌‌های ناشی از آن، بازتوانی و درمان عوارض حاصله از مصرف آن و توسعه ورزش به خصوص ورزش همگانی در مدارس دراختیار دستگاه‌‌های ذی ربط قرار گیرد. 
به عبارتی تکلیف عوارض محصولات دخانی در قوانین دائمی کشور و اسناد بالادست اعم از قانون برنامه و قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت روشن است و منظور قانونگذار و شورای نگهبان از الحاق بند ت به ذیل ماده 73 و اشاره به سایر عناوین حقوق دولتی، به منزله تعیین تکلیف نهایی کلیه عوارض و مالیات‌‌های حاکم بر این صنعت می‌تواند قلمداد شود. 
ابهامی که مطرح است این که آیا الحاقیه کمیسیون تلفیق به مفهوم اصلاح ضرایب مالیاتی موضوع ردیف‌‌های 1 و 2 ذیل ماده 73 برنامه ششم بوده و جایگزین آن است یا علاوه بر آن و به منزله وضع عوارض مازاد و جدید می‌باشد و چون در صدر الحاقیه آمده است که این اضافات در اجرای مفاد ماده 73 صورت می‌گیرد یحتمل براساس اختیارات بند ت ذیل ماده 73 برنامه ششم و بند ب ماده 69 قانون الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) به منزله وضع و اخذ عوارض مصرف از خرده فروشی سیگار و عوارض مازاد و جدید باشد. 
این در حالی است که در لایحه دولت ردیف 110515 مبلغ 27.342 میلیارد ریال به عنوان عوارض مصرف سیگار علاوه بر ردیف‌‌های 110515، 130421، 110506 و 160109 قبلاً پیش بینی شده بود وهمه ساله به دلیل فقدان نظام وصول مالیات از خرده فروشی این مبالغ از تولیدکننده وصول شده است ولی ماهیت آن مالیات بر مصرف است. مضافاً تناقض بین بند ب الحاقی و بند الف الحاقی کمیسیون مشاهده می‌شود اینکه در بند الف عنوان شده عوارض نخی جدید به قیمت  خرده فروشی اضافه می‌شود و به عبارتی می‌بایست از مصرف‌کننده و خرده‌فروش اخذ شود و نه تولیدکننده؛ در بند ب لایحه آمده است که شرکت دخانیات ایران 250 میلیارد تومان مالیات بر فروش و مصرف کالای دخانی را جهت خرید تضمینی محصولات کشاورزی توتون و تنباکو اختصاص دهد. آیا قرار است مالیات مصرف یا همان مالیات خرده فروشی اخیر از تولیدکننده اخذ شود که در بند ب اجازه داده می‌شود شرکت دخانیات ایران مالیات بر مصرف را صرف خرید تضمینی محصولات کشاورزی کند. به عبارتی اگر این اضافات بناست از مصرف‌کننده نهایی دریافت شود مبالغ آن هم در اختیار صنف خرده‌فروش است نه شرکت دخانیات ایران.
هرچند این طرح برای کاستن از مشکلات شرکت دخانیات ایران و حمایت از توتون‌کاران می‌تواند موثر باشد؛ لیکن اگر بناست این حمایت با وضع مالیات جدیدی انجام شود به منزله افزودن مشکلات شرکت دخانیات ایران و توتون‌کاران خواهد بود. بهتر است مفاد بند اصلاحی بگونه‌ای دیگر تنظیم و از محل مالیات ارزش افزوده و سایر حقوق و عوارض دولتی یا سایر منابع تأمین گردد و برای حمایت از شرکت دخانیات ایران در بازپرداخت بدهی‌های مالیاتی تنفس سه ساله در نظر گرفته شود. عباراتی همچون مالیات بر مصرف، مالیات بر تولید و ... هر کدام مفاهیم خاص خود را دارد نظام اجرایی و وصول آنها نیز متفاوت بوده ساز و کار جداگانه‌ای دارد.
وضع مالیات نخی به این شیوه به منزله افزایش 500درصدی مالیات برندهای ایرانی می‌تواند باشد در سطوح قیمتی بالاتر که عموماً مربوط به برندهای بین المللی است این درصد کمتر خواهد بود. بارها عوارضی در اجرای ماده 69 – ا . م . ق . ت 2 تحت عنوان مالیات و عوارض مصرف و خرده فروشی بر محصولات دخانی وضع شده اما چون امکان وصول از خرده فروشی فراهم نبوده این عوارض از تولیدکننده اخذ گردیده است و عملاً بخشی از آنچه که اکنون از تولیدکننده تحت عنوان عوارض تولید اخذ می‌شود همان عوارض مصرف سیگار می‌باشد. به عبارتی تمامی مفاد ماده 73 قانون برنامه ششم توسعه در حال اجراست. 
علی‌رغم پیگیری‌‌های خبرنگار توتون صنعت امکان گفتگو با آقای علی اصغر باقرزاده نماینده مجلس شورای اسلامی و عضو ناظر مجلس در ستاد کشوری کنترل و مبارزه با دخانیات که پیگیر افزایش مالیات محصولات دخانی بودند برای رفع ابهام از مصوبه کمیسیون تلفیق بودجه تا کنون فراهم نشده است . 
آیا این مالیات علاوه بر عوارض موضوع ماده 73 قانون برنامه ششم توسعه است  یا جایگزین آن؟ یا آیا قرار است از تولیدکننده وصول شود یا خرده‌فروش.