انتزاع وظایف حاکمیتی صنعت دخانیات کشور که طی مصوبه مورخ 27/04/1391 هیأت وزیران به وزارت صنعت، معدن و تجارت واگذار شده بود بنا به پیشنهاد وزارت جهاد کشاورزی در دستور کار کمیسیون اقتصاد قرار گرفته است. این در حالی است که در زمان واگذاری این وظایف به وزارت صمت، وزارت جهاد کشاورزی از هر گونه قبول مسئولیت در این زمینه خودداری کرده بود و وزیر جهاد کشاورزی طی نامه‌ای و در پاسخ به پیشنهاد واگذاری بخشی از این وظایف حاکمیتی به آن وزارتخانه طی نامه‌ای در سیزدهم دی ماه سال 1391 به دبیر هیأت دولت وقت ضمن مخالفت با اصلاح مصوبه قبلی دولت اعلام کرد که به منظور تسریع و تسهیل در انجام امور محوله (چرخه تولید تا مصرف) وظایف مربوط تحت مدیریت یک دستگاه انجام شود.

وظایف حاکمیتی صنعت دخانیات که طی تصویب نامه مذکور به وزارت صنعت، معدن و تجارت محول شده است به شرح زیر است:

ـ صدور مجوز عاملیت‌های صنعتی و بازرگانی

ـ تعیین مناطق کشت توتون و تنباکو با توافق وزارت جهاد کشاورزی

ـ ساماندهی و نظارت بر خرید کلیه محصولات استحصالی کشتکاران توتون و تنباکو

ـ تعقیب و پیگیری پرونده‌های قاچاق کالای دخانی به عنوان سازمان شاکی و مأمور وصول عایدات دولت و کلیه امور مرتبط با قاچاق کالای دخانی

اینک بعد از ده سال از تفکیک وظایف حاکمیتی و نهادینه شدن برخی وظایف و مأموریت‌های مرتبط با صنعت در کلیه امور تولیدی، توزیعی، صدور مجوزهای بازرگانی و عاملیت‌های صنعتی و امور نظارتی تفکیک مجدد این وظایف صنعت را با چالش مواجه می‌سازد. ضمن این که پروتکل ریشه کنی تجارت غیرقانونی کالای دخانی که جمهوری اسلامی ایران نیز طبق مصوبه مجلس شورای اسلامی در سال 1394 به آن ملحق شده متضمن تعهدات و تکالیفی برای دولت‌ها در شناسایی، ردیابی و نظارت بر تولید و تجارت کالای دخانی و تجهیزات و ماشین آلات مربوطه و نیز خرده فروشی، عمده فروشی و انبارداری این کالای خاص است که مستلزم مدیریت یکپارچه و کارامد است و این نافی ضرورت همکاری سایر دستگاه‌ها با وزارت صمت متناسب با مأموریت‌ها و وظایف ذاتی که دارند نمی‌باشد.