این قانون جایگزین قانون قبلی مالیات بر ارزش افزوده می‌شود که در سال 1387 مصوب شده بود. مالیات ارزش افزوده سیگار در لایحه قانون جدید از موضوعات چالشی بود. مالیات کالای دخانی در بند «ت» ماده 26 از فصل ششم قانون تعیین شده و به شرح زیر می‌باشد:
ت – انواع سیگار و محصولات دخانی
انواع سیگار و محصولات دخانی به شرح زیر مشمول مالیات و عوارض می‌شوند:
سیگار، توتون پیپ و تنباکوی تولید داخلی، بیست و پنج درصد (25%)
سیگار، توتون پیپ و تنباکوی تولید داخل با نشان بین المللی که فهرست آن هر سال توسط وزارت صنعت، معدن و تجارت تهیه و با تصویب هیأت وزیران ابلاغ می‌شود، چهل درصد (40%)
سیگار، توتون پیپ و تنباکوی وارداتی، شصت و پنج درصد (65%)
توتون خام وارداتی ده درصد (10%)
توتون فرآوری شده وارداتی (خرمن توتون) سی و پنج درصد (35%)
تبصره 1- نرخ‌های تعیین شده از سال دوم اجرای قانون هر سال پنج واحد درصد افزایش می‌یابد تا زمانی که نرخ مذکور برای انواع سیگار و محصولات دخانی، توتون پیپ و تنباکوی تولید داخل به پنجاه و پنج درصد (55%)، برای تولیدات داخل با نشان بین المللی به نود و پنج درصد (95%) و برای انواع سیگار و محصولات دخانی، توتون پیپ و تنباکوی وارداتی به یکصد و بیست و پنج درصد (125%) برسد.
تبصره 2- تولیدکنندگان سیگار و محصولات دخانی مکلفند از زمان لازم الاجراشدن این قانون، قیمت خرده فروشی و تاریخ تولید را بر روی پاکت بسته بندی محصولات دخانی درج کنند. در صورت تخلف از حکم این تبصره، اعتبار مالیاتی مربوط، پذیرفته نمی‌شود و مشمول مالیات و عوارض فروش به نرخ‌های مذکور است.
علاوه بر این در ماده 56 این قانون آمده است:
ماده 56- اجرای احکام این قانون نافی اجرای احکام و مقررات ذیل نیست:
قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/12/1395 با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثنای موارد منسوخ در ماده (55) این قانون، بند «ب» ماده (6)، بند «ر» ماده (33)، ماده (73) و ماده (94) قانون مذکور)
به عبارتی با اجرای قانون جدید مالیات بر ارزش افزوده عوارض موضوع ماده 73 قانون برنامه ششم توسعه با مالیات ارزش افزوده مقرر در قانون قبلی برای کالای دخانی تجمیع و مقرر گردیده است که از سال دوم اجرای قانون هر سال پنج واحد درصد افزایش یابد تا زمانی که برای انواع سیگار و محصولات دخانی تولید داخل به 55 درصد و برای تولید داخل با نشان بین المللی به 95 درصد و برای واردات این اقلام به 125 درصد برسد.
در قانون مالیات بر ارزش افزوده، تولیدکنندگان محصولات دخانی به دو گروه تقسیم شده‌اند:
تولید داخل 2. تولید داخل با نشان بین‌المللی و مالیات تولید داخلی با نشان بین المللی بیشتر از تولید داخل با برند (نشان) ایرانی است. این در حالی است که ماده 73 که منشاء این تقسیم بندی است تولیدکنندگان را به سه گروه: 1. تولید داخل با نشان ایرانی 2. تولید مشارکتی 3. تولید داخل با نشان بین‌المللی تقسیم کرده بود و هر کدام عوارض جداگانه‌ای داشت. به طوری که عوارض تولید داخل 10 درصد، مشارکتی 20 درصد و تولید مستقل با نشان بین المللی 25 درصد بود. تولید مشترک به آن دسته از تولیداتی اطلاق می‌شد که تولیدکننده خارجی با تولیدکننده ایرانی تولید مشترک انجام می‌داد به عبارتی هدف قانون گذار هدایت سرمایه گذاری‌های بین المللی در صنعت دخانیات به سمت و سوی تولید مشترک با تولیدکننده ایرانی از طریق وضع عوارض متفاوت و کمتر بود. این مهم در قانون جدید مالیات ارزش افزوده رعایت نشده و تولید مشارکتی از گروه بندی تولیدکنندگان کالای دخانی حذف گردیده است و به شرکت‌های خارجی تولیدکننده سیگار در ایران اعم از این که تولید مستقل انجام دهند یا با تولیدکننده ایرانی مشارکت نمایند امتیازی تعلق نمی‌گیرد.
این در حالی است که تشویق سرمایه گذاران به تولید مشترک با شرکت‌های ایرانی علاوه بر این که موجب بهره مندی از ظرفیت‌های راکد موجود در صنعت می‌شد می‌توانست به انتقال و تبادل دانش و تکنولوژی و بومی‌سازی آن کمک نماید.
طبق ماده پنجاه و هفت قانون شش ماه پس از ابلاغ به رییس جمهور لازم الاجراست با توجه به تاریخ ابلاغ که دوازدهم تیرماه بود انتظار می‌رود از اواسط دی ماه سال جاری این قانون اجرایی شود.
لغو ماده 73 قانون برنامه ششم توسعه و آثار آن
حال این سوال و ابهام مطرح است که آیا عوارض نخی سیگار و عوارض تنباکوی معسل که نمایندگان مجلس شورای اسلامی در جریان تصویب قانون بودجه سال 1400 کل کشور و بر پایه ماده 73 قانون برنامه ششم توسعه وضع کردند با لغو این ماده قانونی و اجرایی شدن قانون جدید مالیات ارزش افزوده حداقل در ایام پایانی سال همچنان دارای اعتبار می‌تواند باشد؟